My software notes

January 21, 2006

TALOS Howto (written in traditional Chinese)

Filed under: NMRPipe and NMRview — kpwu @ 2:17 am
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如果您從本頁有所收穫,歡迎寫email給我鼓勵. 如果您發現我有寫錯的地方,更希望email告訴我

  • TALOS是 Torsion Angle Likelihood Obtained from Shift and sequence similarity的縮寫, Ad. Bax實驗室所撰寫的軟體,與NMRPipe的作者是同一人(Dr. Frank Delaglio).
  • website: http://spin.niddk.nih.gov/bax/software/TALOS/index.html
  • Obtains: TALOS沒有公開FTP或網站供下載,需寫信給Dr. Delaglio表示想使用這套軟體,Dr. Delaglio會把FTP的帳號密碼告知. 現在只要系統內安裝有NMRPipe,就會發現TALOS已經存在系統內了.
  • TALOS的基本程式有: talos.tcl, vina.tcl 與 rama.tcl,以及一些小工具如:talos2xplor.tcl, talos2dyana.tcl, talos2shift.tcl等工具程式.
  • 要執行TALOS要先準備好幾個檔案:
    1. Chemical Shift Table,格式如下 (NMRView有提供output轉換程式):
      x.jpg
    2. reference pdb (非必要)
  • 開始使用TALOS:
    1. talos.tcl:
      talos.tcl -in myshifts.tab
      這個動作會產生一個pred的資料夾,裡面有一堆residue predict table (res*.tab),這個動作要等一下子,talos.tcl會從talos database做phi/psi angle的比對,一個residue大約要花30~60秒的時間.
    2. vina.tcl:
      vina.tcl -in myshifts.tab -auto
      vina.tcl -in myshifts.tab -ref mystruct.pdb -auto
      vina.tcl可執行也可不執行,這只是一個把pred/res*.tab做一個summarize的動作.
    3. rama.tcl:
      rama.tcl -in myshifts.tab
      rama.tcl -in myshifts.tab -ref mystruct.pdb
      rama.tcl是視窗介面程式,可以讓user觀看talos.tcl做的phi/psi angle prediction results,有三個視窗,分別是:

      • sequence window:
        綠色是表示talos預測的結果是好的,紅色是不好的,超出範圍的,而黃色是ambiguos,灰色表示無法做predictions
      • prediction window :
        下面綠色的 checkbox是指會顯示在ramachandran window上的點,若是不想要某一個reference protein的phi/psi angle作為參考值,取消選取即可.
      • Ramachadran window:
        這裡看到綠色的點就是prediction的結果,十字游標表示中心點,橢圓圈是預測的角度範圍,藍色的點是user指定的reference pdb中,該 residue的角度位置.user可以自行判斷這個prediction是算good, ambiguos, bad 或unclassfied.當最後執行QUIT時,會問你是否要SAVE,yes就會產生一個pred.tab的prediction table
    4. talos2xplor.tcl
      下面是talos2xplor.tcl的一段程式碼:
      x2.jpg
      上面這段程式碼可以看出talos2xplor.tcl有幾個參數,紅色部分字體是參數設法,黃色是其說明.
      使用方式如下:
      talos2xplor.tcl -in pred.tab -cs myshifts.tab
      talos2xplor.tcl -in my-pred.tab -pdb my-structure.pdb
      talos2xplor.tcl -in my-pred.tab -pdb ref.pdb -f 1.5第一與第二行的指令是相同的結果,一個是讀chemical shift tab的sequence資訊,一個讀取pdb內的sequence資訊. 結果如下:x3.jpg
      比較pred.tab可以看出talos2xplor.tcl把角度範圍設定比較大(factor = 2),若不想要設定這麼寬的xplor dihedral angle restraints,可以用 -f參數設定比例,第三行就是使用1.5倍的範圍,可以上下兩個tab比較看看就知道結果.

      x4.jpg

    revised date: 06/07/2004, 08/06/2004

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