- 從程式集開啟PyMOL
Open PyMol - 載入pdb files, 可用指令模式或用工具列啟動
load 1m58.pdb ( Use PyMOL Tcl/Tk GUI, File -> open -> 1m58.pdb) - 消去預先顯示的畫面
hide all - 設定觀看畫面視窗
viewport 640,480 - 畫cartoon圖
show cartoon, 1m58 - 設定helix為紅色 (ss為secondary structure,h指 a-helix, 同理,l為loop, s為b-sheet)
color red, ss h - 設定sheets顏色為orange
color orange, ss s - 設定loop顏色為green
color green, ss l+” - 設定cartoon的顯示為discrete colors,此時每段二級結構之間的顏色為獨立的狀態)
set cartoon_discrete_colors, 1 - 設定cartoon的顯示為highlight color,且highlight的顏色為yellow (1為black, 0為white,亦可自行定義顏色)
set cartoon_highlight_color, yellow - Show fancy helices (Tcl/Tk GUI -> cartoon -> fancy helices check on)
set cartoon_fancy_helices=1 - zoom out view (負值為放大,正值為縮小)
zoom 1m58, -15 - 設定圖形輸出解析度
ray 400,320 - 輸出最後結果
png 1m58-2.png
Last modified: 2004/04/26
