- 從程式集開啟PyMOL
Open PyMol - 載入pdb files, 可用指令模式或用工具列啟動
load 1m58.pdb ( Use PyMOL Tcl/Tk GUI, File -> open -> 1m58.pdb) - 消去預先顯示的畫面
hide all - 設定觀看畫面視窗
viewport 640,480 - 畫cartoon圖
show cartoon, 1m58 - 整體顏色為cyan
color cyan, 1m58 - 設定cartoon的顯示為highlight color,且highlight的顏色為green
set cartoon_highlight_color, green - Show fancy helices (Tcl/Tk GUI -> cartoon -> fancy helices check on)
set cartoon_fancy_helices=1 - 新增surface圖
show surface,1m58 - 設定透明度 (1為完全透明,0為不透明)
set transparency,0.4 - 定義surface顏色為lime
set surface_color, lime - 順著x-axis翻轉 180度 (亦可順y-axis, z-axis轉)
rotate x, 180 - 背景顏色改為白色
bg_color white - 設定圖形輸出解析度
ray 400,300 - 輸出最後結果
png 1m58-3.png
Last modified: 2004/04/26
